אנשים רבים אינם מודעים לכך כי הרועה הגרמני יכול להופיע במספר צבעים שונים, לא מדובר בכלבים מעורבים אלא תוצאה של פיגמנצטיה וערבוב בין גנטיקה שונה.

כשחושבים על כך, חום ואדום הם בעצם בעלי אותו מרכיב הצבע, אז מדוע בעצם התפתחו סוגי צבעים שונים ? 

צבע היסוד של כלב רועה גרמני הוא שחור חום, הרועה הגרמני נפוץ לרוב בצבע חום ושחור או אדום ושחור.

בכלבים בעלי צבע אדום ושחור, הפיגמנט משפיע על צבע הפרווה הסופי, את השפעתו ניתן לראות בצבע ובגווני האדום שמופיעים על פרוותו של הכלב. 

מכוון שהטיפוסים השונים הללו הורבעו בין לבין עצמם, נולדו טיפוסים שונים, לדוגמא כאשר הורבעו כלבים בעלי פגמנט חזק בצבע האדום, נוצרו רועה גרמני בצבע כהה יותר.

וכאשר הורבעו טיפוסים בעלי צבע שחור וצהוב, בעלי פגמנט החלש יותר, נוצרו צבעים בהירים יותר במרוצת השנים, כמו צהוב בהיר יותר או אפור/כסוף. 

בנוסף אנשים אינם מודעים לכך אולם הרועה הגרמני קיים גם בצבע שחור מלא (סוליד בלאק) וגם בצבע שנקרא בי-קולור (שני צבעים) שזה בעצם שחור מלא עם כפות רגלים חומות , גם כאן יש חום צהוב או אדום. לרוב אנשים אשר רואים רועה גרמני שחור ברחוב, נוטים לחשוב כי מדובר ברועה בלגי. 

רועה גרמני לבן ( ששמו שונה לרועה שויצרי לבן במרוצת השנים ) , אינם בעצם כלבים לבקנים, בנוסף אין להם גם את האף הוורוד או כפות רגלים לבנות, דברים הנפוצים בכלבים לבקנים.

הצבע הלבן נגרם בעצם על ידי גן מיסוך, אשר במחקרים הוכח כי מצליח למסך את צבע פרוותו של הכלב והופך אותו לצבע לבן. 

על מנת ליצור מצב שבהמלטה של רועה גרמני יצאו גור לבן, על שני ההורים לשאת את הגן הלבן ולהעביר אותו אל צאציהם.

כיום נדיר מאוד למצוא המלטות בהם שני רועים גרמניים מצליחים ליצור גורים לבנים, זאת עקב המדע והבדיקות הרפואיות שמאפשרות לשלול את קיומם של גנים אלו.